Geymsluþol rotvarnarefna hefur áhrif á gerð þeirra, geymsluaðstæður og umbúðir. Almennt hafa þau langan geymsluþol, venjulega á milli 1 og 3 ár, en tiltekinn endingartími fer eftir eiginleikum vörunnar. Náttúruleg rotvarnarefni, vegna náttúrulegrar samsetningar þeirra, hafa tiltölulega lélegan stöðugleika og geymsluþol upp á 1-2 ár. Óviðeigandi geymsla (svo sem hár hiti eða raki) getur stytt geymsluþol. Kemísk rotvarnarefni hafa góðan stöðugleika og geymsluþol upp á 2-3 ár. Sum mjög stöðug kemísk rotvarnarefni geta haft geymsluþol í meira en 3 ár. Geymsluskilyrði hafa veruleg áhrif á geymsluþol rotvarnarefna. Mælt er með því að geyma rotvarnarefni á köldum, þurrum og vel loftræstum stað, forðast beint sólarljós, háan hita og raka og óviðeigandi þéttingu. Haltu þeim einnig frá eitruðum og skaðlegum efnum til að koma í veg fyrir mengun. Ennfremur hefur pökkunaraðferðin einnig áhrif á geymsluþol. Vel lokaðar umbúðir koma í veg fyrir frásog raka og oxun, lengja geymsluþol; ef umbúðir eru skemmdar getur rotvarnarefnið orðið óvirkt. Fyrir notkun skal athuga fyrningardagsetningu rotvarnarefnisins. Ekki ætti að nota útrunnið rotvarnarefni, þar sem þau ná ekki tilætluðum bakteríudrepandi áhrifum.
